凋亡（Apoptosis），或者說程序性細胞死亡（Programmed cell death），是細胞內建的防御機制之一，在生物的正常發育及疾病抵御中起到重要的作用。凋亡過程與通路的異常，會導致多種疾病，包括腫瘤。

      目前至少有十數種檢測細胞凋亡的方法，從大框架上講，可以劃分為基于細胞形態、生物學功能和生化標記三大類。這里簡要介紹一下最受歡迎的“Annexin V/PI雙染法”進行流式細胞術質膜分析。

       磷脂酰絲氨酸（Phosphatidylserine, PS）正常位于細胞膜內側，但在細胞凋亡早期，PS可從細胞膜內側翻轉到細胞膜表面，暴露在細胞外環境中。磷脂酰絲氨酸的轉位發生在凋亡早期階段，先于細胞核的改變、DNA斷裂、細胞膜起泡。體內的吞噬細胞可通過識別磷脂酰絲氨酸來清除凋亡細胞。Annexin-V是一種分子量為35~36KD的Ca2+依賴性磷脂結合蛋白，能與PS高親和力特異性結合，細胞處于調亡或壞死時，Annexin-V可為陽性（早期壞死細胞可能為陰性），是檢測細胞早期凋亡的靈敏指標。將Annexin-V進行熒光素（FITC、PE）標記，利用流式細胞儀或熒光顯微鏡可檢測細胞凋亡的發生。碘化丙啶(propidine iodide, PI)是一種核酸染料，它不能透過完整的細胞膜，但在凋亡中晚期的細胞和死細胞，PI能夠透過細胞膜而使細胞核紅染。因此將Annexin-V與PI匹配使用，就可以將凋亡早晚期的細胞以及死細胞區分開來。

        值得注意的是，受到凋亡刺激的細胞，細胞膜通常比較脆弱。因此在制備貼壁細胞樣品時，很容易在消化和吹打時帶來額外的損傷，增加了數據變異度。此外，在實際實驗中經常可以發現，凋亡細胞的本底熒光或非特異染色的特性會增強，導致熒光飄移，導致定量不準。解決途徑包括：提高樣品制備的質量，用密度圖而非點圖展示數據，雙指數坐標部分解決熒光飄移帶來的畫門障礙等。