未染色的細胞
確定背景和自發熒光的陰性對照；設置PMT電壓。

完全染色的細胞
確定一些超出坐標軸的事件；設置PMT電壓。

單染的細胞/微球
調節補償

同型對照
設門，用于消除同類抗體的非特異性染色。每個抗體均會有不同水平的背景染色，這種背景與其結合特異性、抗體濃度、抗體聚集程度、熒光素：抗體比例等因素有關。挑選同型對照除了要選對物種、亞型，還需要看抗體的結合特異性、濃度等等各種因素。
 

熒光扣除對照（FMO）
設門，用于消除熒光滲漏熒光的背景。

多色實驗時，要檢測某個熒光通道的表達情況，由于熒光滲漏影響占主要，所以檢測時先將該通道的抗體去掉，檢測一下其它通道漏到此通道的背景熒光水平，進行正確排除，從而幫助設門。

未刺激或未處理的樣本
實驗陰性對照

陽性細胞（刺激或特殊藥物處理過的）
實驗陽性對照

用細胞活性染色（例如PI等）標記細胞
區分死、活細胞。